Museet grundades 1998 och visar de historiska fynden från universitetets tre forskningsmuseer: Harvard University Herbaria, Museum of Comparative Zoology och Harvard Mineralogical Museum. Nya utställningar visar vanligtvis forskning som görs vid universitetet, och museets expansiva praktiska utbildningsprogram innebär att familjer med små barn kommer att hitta mycket att underhålla dem under ett besök här. En av dess mest populära och hyllade utställningar ärGlass Flowers , en samling med över 4000 modeller som representerar mer än 830 växtarter, som skapades av glashantverkare Leopold och Rudolf Blaschka.
Kombinera ett besök på Harvard Museum of Natural History med en guidad rundvandring på Harvard-campus, eller besök självständigt med Go Boston-kortet, som också inkluderar entré till andra stads- och regionala höjdpunkter som Fenway Park, Museum of Science (hoppa över -linjetillgång), Paul Revere House och Salem Witch Museum.