Eftersom nästan hela Biscayne National Parks 181 500 hektar (73 450 hektar) mestadels är under vattnet, är det bästa sättet att verkligen uppleva det med snorkel eller dykutrustning. Under ytan exploderar parkens undervattensvärld med mångfärgat liv, från levande havsfisk och papegojfisk till svängande havsfläktar och flerskuggade korallabyrinter.
Revkryssningar och båtturer med glasbotten avgår vanligtvis från Convoy Point och passerar genom Caesar Creek för att se de mer än 50 skeppsvrak inom parkens gränser. Mangrove Shore är ett trevligt alternativ för dem som har ett tätt schema och ingen båtåtkomst - bara promenera runt Convoy Point och njut av en picknick. Av parkens 44 öar är endast ett fåtal öppna för besökare: Elliot Key har picknick, camping och vandring bland mangroveskogar; lilla Adams Key har picknick; och Boca Chita Key har en fyr, picknick och camping.