Vatikangrottorna sitter under den moderna basilikan men över nivån för den första kristna romerska kejsaren Konstantins ursprungliga basilika från 4-talet. Den tidigaste påven som begravdes i grottorna är påven Nicholas I från 800-talet. Påven Paulus VI och påven Johannes Paulus II är också begravda där. Dessutom ligger gravarna av drottning Christina av Sverige, kejsaren Otto II och drottning Charlotte av Cypern inuti tillsammans med ett antal utsmyckade kapell och en fresco från 1300-talet av Madonna av Pietro Cavallini.
På grund av de långa köerna för att komma in i Peterskyrkan och grottorna är det överlägset bästa sättet att besöka att gå med på en rundtur i Vatikanen med kyrkan och underjordiska gravar. De flesta små gruppturer kombinerar basilikan med andra Vatikanstatens höjdpunkter som Vatikanmuseerna, Sixtinska kapellet och Vatikanens trädgårdar.