Ett besök i St. John's Basilica ger en inblick i historien om denna antika plats, byggd av den bysantinska kejsaren Justinian på 600-talet. Man tror att kyrkan ligger på begravningsplatsen för Johannes aposteln och var utformad i form av ett kors. När det var klart täcktes det av sex kupoler, med många av väggarna antagligen en gång täckta med fresker.
När närliggande Efesos började tappa betydelse omvandlades St. John-basilikan till en moské, drabbades av en jordbävning och förstördes helt av en mongolisk armé 1402. Allt som finns kvar idag är olika tegelstenar och stenar bredvid marmorkolonnerna som en gång hölls upp strukturen, men den senaste restaureringen ger besökarna sammanhanget för att visualisera och förstå dess tidigare status och betydelse.
Många kombinerar sitt besök med en promenad till den närliggande Ayasuluk-fästningen ovanpå Ayasuluk Hill, där St. John sägs ha skrivit sitt evangelium. En stigning upp erbjuder fantastisk utsikt över det omgivande området.