Apoteket Santa Maria Novella, officiellt känt som Officina Profumo Farmaceutica di Santa Maria Novella, producerade ursprungligen naturläkemedel och balsam tillverkade av Dominikanska krönor från örter och växter som odlats i klosterträdgårdarna. Vid 1600-talet hade deras rykte om kvalitet spridits så att de började sälja sina produkter till allmänheten. Apoteket är nu privatägt, men fortsätter att producera växtbaserade elixirer, tvålar, parfymer, potpurri och andra naturprodukter med traditionella tekniker och originalrecept för att sälja i den välvda och freskomålade landmärkebutiken. Besökare kan se butiken, historiska apoteksverkstäder och försäljningsrum och en liten museumssamling av keramiska apotekburkar, vågar, karaffer och andra verktyg.
Apoteket Santa Maria Novella kombineras ofta med en rundtur i basilikan Santa Maria Novella som en del av en vandring i Florens historiska centrum som också kan inkludera andra florentinska höjdpunkter som Duomo och Uffizi Galleries.